综合管理:

办公室（党委办公室）

人事处

财务基建处（项目办公室） 

　　　 行政处

业务管理:　　　　  

业务管理处

质量监督处（农业部兽药GMP工作委员会办公室）

　　　 化药评审处

生药评审处

国际合作处

科技处（研究生处）

标准处（中国兽药典委员会办公室）

　　　　　　　（全国兽药残留专家委员会办公室）

　　　　　　　（农业部兽用生物制品规程委员会办公室）

信息处

技术支持：

细菌制品检测室

　　　 病毒制品检测室（国家牛瘟参考实验室）

　　　 化学药品检测室

　　　 兽医器械检测室（农业部畜牧兽医器械质量监督检验测试中心）

安全评价室（国家兽药残留基准实验室）　　

菌种保藏室（中国兽医微生物菌种保藏管理中心）

标准物质研究室（国家兽用标准物质中心）

检测技术研究室（北京兽药研究所）

　　　　　　　　　　 （国家猪瘟参考实验室）

　　　　　　　　　　 （农业部兽用生物制品创制与评价重点开放实验室）

（农业部转基因兽用微生物环境安全监督检验测试中心(北京)）

（国家兽药安全评价（耐药性监测）实验室）

基础保障处